La cirugía se usa para acortar, alargar o cambiar la posición de uno o más de los músculos del ojo con eficacia, permitiendo la alineación correcta de ambos ojos. La cirugía para el estrabismo tiende al «fortalecimiento» de algunos músculos del ojo y al «debilitamiento» de otros, para cambiar su fuerza efectiva sobre el globo ocular y lograr el alineamiento. La cirugía de estrabismo es un procedimiento relativamente seguro, pero puede tener algunos riesgos como cualquier cirugía y anestesia. Algunas veces es necesaria más de una intervención para obtener la mejor alineación de los ojos y los lentes correctores normalmente se tienen que seguir usando.
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